Phủ Tổ còn gọi là Khải Thánh Đài tọa tại thôn Vân Cát trong quần thể tâm linh Phủ Dầy.  Phủ tổ còn được gọi là Phủ  Đá có lẽ bởi bởi kiến trúc phía trước đền đều được sử dụng bằng đá.  Đây là nơi thờ phụng Vương Phụ Lê Đức Chính và  Vương Mẫu Trần Thị Phúc - Đó là hai vị đã sinh hạ ra Thánh Mẫu Liễu Hạnh. Hiện nay sắc phong Vương Phụ  và Vương Mẫu  vào năm Khải Định 1924 đã được tìm thấy.

       Nơi đây theo truyền thuyết nơi đây là quê chính của Mẫu Liễu, tức nơi Thánh Mẫu được giáng trần lần thứ hai.
        Hiện nay cung trong ở giữa thờ phật, hai bên thờ Vương Phụ, Vương Mẫu sinh ra Mẫu Liễu. Cung thứ hai thờ Tam toà Thánh Mẫu. Cung ngoài cùng ở giữa thờ Đức Thánh Trần, còn một bên thờ Trần triều Vương Cô, một bên thờ bát hương bản mệnh. 
        Phủ Tổ được sửa chữa lớn vào năm 1943. Trong kháng chiến chống Pháp Phủ Tổ đã bị ném bom hư hỏng nặng. Di tích này mới được tu sửa đưa vào sử dụng năm 1993.

        Về các nơi giáng trần của Thánh Mẫu Liễu Hạnh

        + Giáng trần lần thứ nhất:

       Tại hội thảo do UBND huyện Ý Yên và Trung tâm Nghiên cứu Bảo toàn Văn Hóa tín ngưỡng Việt nam dựa trên cơ sở các thư tịch cổ các nhà khoa học khẳng định di tích Phủ Quảng Cung - Thôn Vỉ Nhuế, xã Yên Đồng, Huyện Ý Yên chính là nơi ghi dấu cuộc giáng sinh đầu tiên của Thánh mẫu Liễu Hạnh. Tại Phủ Dầy cũng có dâu đối nhắc đến với đôi câu đối chữ hán được tạm dịch như sau:
    "Ba kiếp giáng trần, ở Vỉ Nhuế, ở Vân Cát, ở Nga Sơn, Sòng (Sơn) - Lạng (Sơn) - Tây Hồ, hơn năm trăm năm ngời sử sách. 
     Các triều phong tặng, là Đế nữ, là Đại vương, là Thánh mẫu, là Thánh - Thần - Tiên Phật, ngàn năm vạn thuở rạng non sông".
      Tuy nhiên, Phủ Quảng Nạp lại là một nơi mà theo thánh tích chính là nơi giáng sinh đầu tiên của Thánh mẫu Liễu Hạnh thì lại ít người biết đến
      Theo huyền tích lần giáng sinh lần thứ nhất của Mẫu Liễu: Mẫu Liễu lúc đó có tên là Phạm Tiên Nga là con của cụ Phạm Huyền Viên và bà Đoàn Thị Hằng ở thôn Vỉ nhuế, Ý Yên, Nam Định ngày nay.
        Phạm Tiên Nga, mất ngày 2 tháng 3 năm Quý tị (1473), khi bà tròn 40 tuổi. Sau khi bà mất nhân dân đã lấp đền thờ tại ngôi nhà cũ - nay là Phủ Đại La Tiên Từ, còn tại quê ngoại của bà cũng được lập đền thờ với tên gọi Phủ Quảng Cung.

       + Giáng trần lần thứ hai:

       Vì thương nhớ cha mẹ và quê hương ở cõi trần mà đến thời Lê Thiên Hựu, năm Đinh Tỵ (1557), bà lại giáng sinh lần thứ hai làm con ông Lê Đức Chính ( còn gọi là Lê Thái Công)  và bà Trần Thị Phúc tại thôn An Hải, xã Vân Cát, huyện Thiên Bản, hạt Sơn Nam Hạ (nay là Kim Thái, Vụ Bản, Nam Định, cách quê cũ Vị Nhuế chừng 7 km). Do ông Lê Thái Công nhìn mặt con, thấy nét mặt giống nàng tiên nữ bưng khay rượu trong bữa tiệc chúc thọ Ngọc Hoàng mà ông mơ trước đó nên đặt tên cho con là Lê Giáng Tiên.
Năm 18 tuổi, nàng kết duyên cùng Đào Lang, là con nuôi của một vị quan trí sĩ ở cùng làng, sinh được một người con trai, tên là Nhân, một con gái tên là Hoà. Giữa lúc cả gia đình đang đầm ấm vui vẻ thì bỗng nhiên, vào đúng ngày, Bà mất ngày 3 tháng 3 năm Đinh Sửu, thời Lê Gia Thái thứ 5 (1577). Năm ấy, Bà mới 21 tuổi, tuyệt nhiên không bệnh tật gì. Lăng mộ và đền thờ ở Phủ Dầy, thôn Thiên Hương – Vân Cát, xã Kim Thái, huyện Vụ Bản, Nam Định.

     + Giáng trần lần thứ 3:

        Giáng Tiên về trời đúng hạn định theo lệnh của Ngọc Hoàng. Nhưng khi nàng đã ở trên trời thì lòng trần lại canh cánh, ngày đêm da diết trong lòng nỗi nhớ cha mẹ, chồng con nên nàng muốn xuống trần gian lần nữa. Khi về đến nhà vừa đúng lúc gia đình đang làm giỗ mãn tang cho nàng, mọi người đều hết sức ngạc nhiên và vô cùng sung sướng. Nàng ôm lấy mẹ mà khóc, rồi kể hết sự tình, dặn anh hãy gắng lo chăm sóc cha mẹ, vì lần này xuống trần nàng không thể ăn ở như lần trước, rồi trở về nhà chồng. Liễu Hạnh gặp chồng, con cái mừng mừng tủi tủi. Nàng cũng kể rõ mọi chuyện cho chồng biết, khuyên chồng hãy cố gắng luyện chí, yên tâm theo đuổi sự nghiệp công danh, đừng quên chăm sóc con thơ, phụng dưỡng cha mẹ. Nàng quét dọn, sửa sang nhà cửa, may vá quần áo cho chồng cho con, rồi bỗng chốc lại thoắt biến lên mây… Cứ như thế, thỉnh thoảng nàng lại hiện về, làm xong các việc rồi lại biến đi.

      + Những vân du thiên hạ của Mẫu Liễu:

      Khi con cái khôn lớn và Đào Lang công thành danh toại, nàng mới từ biệt để đi chu du thiên hạ. 
     - Hóa phép thành cô giá bán hàng ở Đèo Ngang - Quảng Bình với huyền tích cuộc chiến Đèo Ngang. Vì thế ở Đèo Ngang có đền Thờ Liễu Hạnh Công Chúa.
     - Sau Đèo Ngang, Thánh mẫu đã vân du ra phía bắc. Tại Đồng Đăng - Lạng Sơn, Mẫu đã gặp Phùng Khắc Khoan cùng nhau xướng họa làm thơ ( Di tích đền Mẫu Đồng Đăng) . Một năm sau, Mẫu gặp lại Phùng Khắc Khoan tại Tây Hồ. (Di tích là Phủ Tây Hồ).
     - Năm 1609, Thánh Mẫu tái hợp với Đào Lang - người chông kiếp trước ở Nghệ An. Khi con được 5 tuổi, Mẫu lại được Ngọc Hoàng triệu về tiên giới. (Có tài liệu cho rằng Thánh Mẫu tái hợp với chồng cũ ở Sòng Sơn- Thanh hóa. (Di tích đền Mẫu Sòng Sơn) 
     -  Do nhớ cõi trần, Mẫu lại xin Ngọc Hoàng trở về cõi trần gian. Lần này, mẫu giáng về Phố Cát. Tại đây đã có cuộc chiến của Mẫu với quân triều đình. Cũng tại đây Mẫu đã quy y cửa Phật.